Die NJT F40PH-2CAT waren stark modifizierte F40PH-2, die mit einem 750PS starken CAT Dieselmotor zur Versorgung des HEP Systems ausgerüstet wurden. Der HEP-Generator erzeugt die nötige Energie zur Versorgung der Personenwagen mit Strom, Heizung und Klimatisierung. Durch den Einbau dieses zusätzlichen Motors konnte der Hauptantrieb der Lok mit variabler Drehzahl laufen, im Gegensatz zu den F40PH2, deren Diesel mit 900 Umdrehungen pro Minute lief, auch im Stand, was zu einer erheblichen Lärmbelästigung führte. Aufgrund dieser Modifizierung musste die Lok am Ende um 2 Fuß über dem Trittbrett verlängert werden und zusätzliche Lüftungsgitter mussten eingebaut werden, um dem umgestalteten Motorsystem zu genügen. Die Modernisierungen wurden in Conrails Eisenbahnwerk (Juniata Shops) in Altoona, PA, zwischen 1996 und 1998 durchgeführt. Derzeit sind nur noch zwei der ursprünglich 17 Lokomotiven, die modernisiert wurden im Einsatz, und das auch nur noch vor Wartungs- oder Bauzügen.